Zhvillimet politike dhe ekonomike të fillim viteve 90 bënë të domosdoshme një riorganizim të plotë të programeve mësimore në funksion të integrimit me sistemin evropian të edukimit universitar. Në vitin 1991, institucioni merr Statusin e Universitetit.

Në fillim të vitit 1993 në Universitetin Bujqësor të Tiranës, filluan te zbatohen dy projekte te financuar nga USAID dhe GTZ, per riorganizimin e struktures administrative te UBT dhe hartimi i planeve dhe programeve te reja mësimore. Dega e Zooteknise përsëri shkeputet nga Fakulteti i Veterinarise dhe i bashkohet Fakultetit te Bujqesise.Kështu viti 1994-1995 shënon  krijimin për herë të parë të Departamentit të Zooteknisë në Fakultetin e Bujqësisë.

Në vitin 1999 në Shqipëri filluan pëgatitjet për implementmin e ECTS. Në këtë periudhë Departamenti ishte përfshirë në projektin TEMPUS “Zhvillimi i kurikulës në Zootekni“, ku u mundësua zhvillimi i programeve mësimoe në përputhje me Proçesin e Bolonjës. Për herë të parë u fut koncepti i ECTS në programet mësimore të Prodhimit Shtazor. Kurikulat pësuan një transformim rrënjësor, u hartuan dhe implementuan dy programe studimi: “Zootekni dhe Menaxhimi i Biznesit Blegtoral“, si dhe “Akuakultura dhe Menaxhimi i Peshkimit“.

Në konferencën e Ministrave të Arsimit, mbajtur në Berlin, në vitin 2003, u pranua kërkesa e Shqipërisë për të aderuar në Proçesin e Bolonjës. Kjo do të thoshte një reformë fondamentale, përafrim i legjislacionit dhe krijimi i një hapsire të arsimit të lartë, të përbashkët, të hapur dhe fleksibël. Në vitin akademik 2004 – 2005 Departamenti, si gjithë Universiteti Bujqësor i Tiranës implementoi zyrtarisht ECTS.

Aktualisht Departamenti ofron programe studimi në nivelin Bachelor, Master i Shkencave, arsim profesionl 2 vjecar dhe Doktoratë.

Departamenti i Shkencave Zooteknike  është pjesë e Fakultetit të Bujqësisë dhe Mjedisit, Universiteti Bujqësor i Tiranës. Studenët kombinojnë interesat e tyre mbi biologjinë dhe kafshët në një mjedis që tejkalon kufijtë e auditorëve. Departamenti është i njohur për programet mbi mësimin, kërkimin dhe ekstensionin në biologjnë shtazore dhe blegtorinë. Fushat prioritare ku fokusohemi janë të ushqyerit, mbarështimi, gjenetika dhe përmirësimi gjenetik i kafshëve të fermës. Fokusi ynë janë kafshët e fermë si gjedhi, delet, dhitë, shpendët, bletët, derrat kuajt etj. Stafi i Departamentit ka nivel të lartë kualifikimi dhe eksperiencë që garanton mësim dhënie cilësore dhe përcimin e njohurive bashkëkohore të shkencës së zooteknisë tek studentët, me qëllim pregatijten e specialistëve të aftë për të zbatuar praktikat e mira të mbarështimit të kafshëve dhe prodhimin e produkteve blegtorale cilësore e të sigurta. Në forminin praktik  profesional e kërkimor shkencor  të studentëve  përdoret infrastrukturë laboratorike moderne si dhe ferma blegtorale me teknologji të përparuara të mbrështimit të kafshëve. Stafi i departamentit është i përkushtuar në plotësimin e detyrimeve të tij dhe shumë i angazhuar për ti qëndruar afër studentëve e ndihmuar për të përballur sfidat e arsimimit të tyre universitar. 

Departamenti ka marëdhënie të ngushta me të gjitha njësitë e tjera të UBT-së, me univeritette të tjera shqiptare, si dhe me mjaft Institucione dhe organizata, si Ministria e Bujqësisë dhe Zhvillimit Rural,  Qendrat e  Transferimit të Teknologjive Bujqësore, Agjensite Rajonale të Ekstensionit Bujqësor  Institutin e Sigurisë Ushqimore dhe Shëndetin e Kafshëve, kompani dhe ferma private etj.

Departamenti i kryen aktivitetet e tij në kontekstin e misionit dhe vizionit të UBT-së, Departamenti zhvillon edhe përhap njohuri për nivelin Bachelor, Master dhe Doktoratë, si dhe kontribuon në zhvillimin e sektorit të prodhimit blegtoral  përmes kërkimit, publikimeve,trajnimeve të specialistëve të ekstensionit dhe fermerëve sikurse shërbimeve ndaj të tretëve me asitencë teknike.