Gjate kësaj periudhe, u nxit puna kërkimore-shkencore dhe kërkesa që katedrat të ishin jo vetëm njësi edukative mësimore, por edhe shkencore. Përcaktimi dhe kombinimi i lëndëve, hartimi i programeve, mbi këtë baze dhe i teksteve mësimore të reja, orientimi i kërkimit shkencor në drejtimin aplikativ etj, synonin që studenti me mbarimin e fakultetit të arrinte: të nxiste ose të vinte më mirë në lëvizje progresin bujqësor, të ishte i aftë të drejtonte ekonominë, të ishte i aftë për të kontribuar më mirë në zhvillimin e shkencave bujqësore.
Fakulteti i Bujqësisë, pas vitit 1970, arriti të konfigurojë e konsolidojë më mirë veprimtarinë mësimore shkencore. Ndryshimet në planet mësimore gjatë viteve ndikuan ndjeshëm në përgatitjen e specialistëve të bujqësisë jo vetëm për të njohur profesionin e agronomit por, edhe për t’u ri kualifikuar lehtësisht në funksion të zhvillimit dhe intensifikimit të bujqësisë. Gjate kësaj periudhe, u nxit puna kërkimore-shkencore dhe kërkesa që katedrat të ishin jo vetëm njësi edukative mësimore, por edhe shkencore. Përcaktimi dhe kombinimi i lëndëve, hartimi i programeve, mbi këtë baze dhe i teksteve mësimore të reja, orientimi i kërkimit shkencor në drejtimin aplikativ etj, synonin që studenti me mbarimin e fakultetit të arrinte: të nxiste ose të vinte më mirë në lëvizje progresin bujqësor, të ishte i aftë të drejtonte ekonominë, të ishte i aftë për të kontribuar më mirë në zhvillimin e shkencave bujqësore.
Ne kushtet e ekonomisë së përqendruar, siç ishte ajo e jona para viteve 1990, ushtrimi i kompetencave, rrjedhimisht dhe i aftësive profesionale nga ana e specialistëve të bujqësisë, ka qenë i kufizuar. E njëjta gjë, mund të thuhet edhe për mundësitë e kufizuar që kishte shkolla, në atë kohë, për të qenë me fleksible dhe për t’iu përgjigjur në kohë ndryshimeve ekonomike e sociale të zonave rurale e urbane të vendit. Këto pengesa e kufizime filluan të kapërcehen vetëm pas vitit 1990, kur lindi kërkesa dhe oferta e mirëfillte në tregun e lirë të punës intelektuale.
Ndryshimet rrënjësore politike e social-demokratike që nisën në fund të vitit 1990, diktuan nevojën e ristrukturimit dhe reformimit të Fakultetit të Bujqësisë dhe të Fakultetit të Ekonomisë. Ky proces, u mbështet nga projekte të ndryshme ndërkombëtare si: Projekti SARA, Projekti GTZ, Projektet TEMPUS dhe mjaft projekte të tjera bilaterale. Me mbështetjen e këtyre projekteve, në vitin 1994 u riorganizua Fakulteti i Bujqësisë, si rrjedhojë e bashkimit të Fakultetit të Agronomisë, Fakultetit të Ekonomisë Agrare dhe Degës së Zooteknisë, si edhe filloi procesi i reformimit të tij. Aspektet kryesore të këtij procesi mund të përmblidhen si më poshtë: ndryshimi i kurrikulave dhe programeve mësimore në të gjitha departamentet, rritja e fleksibilitetit të kurrikulave dhe e përafrimit të tyre me fakultetet analoge, mundësia e transferimit të studimeve nga mjaft studentë që shkonin jashtë vendit, fuqizimi i bazës laboratorike, ndonëse edhe sot ka mangësi të infrastrukturës, gjallërimi i kërkimit shkencor përmes pjesëmarrjes së pedagogëve në studime të përbashkëta, në projekte apo programe të Komunitetit Evropian, përgatitja e stafit akademik për të përballuar kërkesat e kurrikulave të reja, përmirësimi i strukturës menaxhuese në nivel fakulteti, vendosja e marrëdhënieve me shumë Universitete Perëndimore.
Një pjesë e këtyre arritjeve u ç’vlerësuan nga ngjarjet e vitit 1997 ku si në të gjithë universitetin edhe në Fakultetin e Bujqësisë, u shkatërrua pothuajse çdo gjë, edhe vetë godina e fakultetit. Këto ngjarje provokuan dhe largimin e një pjese të punonjësve mësimore – shkencore të fakultetit, sidomos e atyre me moshë të re, fenomen ky që mund të konsiderohet si një nga dëmet më të mëdha që pësoi fakulteti. Pas vitit 1997, me kontributin që dha Qeveria Shqiptare, programet dhe projektet e huaja, rinisi puna për rikuperimin e dëmeve të shkaktuara.
Viti 2001 shënoi kapërcimin e krizës dhe të emergjencës dhe futjen e fakultetit në rrugën e zhvillimit të shpejtë. Gjatë periudhës 2001-08 është rritur veprimtaria e projekteve TEMPUS, është rritur bashkëpunimi akademik e shkencor me universitetet e vendeve të tjera si dhe pjesëmarrja e pedagogëve në projekte bilaterale.
Fakulteti i Bujqësisë është drejtuar nga 15 dekanë (pa përfshirë këtu periudhën 1951-1953, (ku rolin e drejtuesit të fakultetit e ka kryer një pedagog rus), si më poshtë:
Faik Bajraktari 1953-1955, Ramadan Xheladini 1955-1957, Skënder Xhiku 1957-1961 dhe 1966-1981, Muharrem Pengjini 1961-1966, Adem Salillari 1982-1988, Andrea Shundi 1988-1992, Gjergj Borova 1992-1993, Petrit Rama 1994-1996, Adrian Civici 1996-1999, Bahri Musabelliu 1999-2000, Kristaq Pata 2000-2004, Fatos Harizaj 2004-2008, Ardian Maçi 2008 – 2016, Fatbardh Sallaku 2016 -2020, Ilir Kristo 2020 e në vazhdim.
Fakulteti ì Bujqësisë dhe Mjedisit, si pjesë integrale e UBT-së, pasi kaloi fazën më të vështirë, atë të mbijetesës, ka hyrë në fazën e reformimit në përputhje edhe me Konventën e Bolonjës.
Sfidat kryesore në reformimin e Fakultetit konsistojnë në:
- Ndryshimin e kurikulave dhe të programeve mësimore në funksion të integrimit me sistemin evropian të arsimit universitar dhe të transferimit të krediteve.
- Përmirësimi i standarteve cilësore për mësimdhënie dhe kërkimin shkencor që të përafrohemi me standardet e institucioneve të tjera evropiane.
- Përballimi i reformave të gjera sociale dhe ekonomike të vendit tonë, lëvizja drejt një sistemi të plotë autonom të universitetit dhe formimi i studentëve në përputhje me kërkesat e tregut të punës.
Duke implementuar sistemin e ri Evropian të studimeve FBM synon të jetë shumë shpejtë pjesë integrale e lëvizjes universitare Evropiane, studentet të përfitojnë një formim profesional më cilësor, diplomat tona të përafrohen me ato të vendeve të zhvilluara. Reforma e Bolonjës, nuk është dhe s’duhet të konsiderohet ndërmarrje e lehtë. Ajo është një proces i gjatë që do të kërkojë, pa dyshim, investimin edhe të brezave të tjerë. Ne jemi të sigurt, ajo është rruga më e drejtë dhe e vetme e reformimit të sistemit universitar në Shqipëri. Ka ardhur koha që, duke punuar, të shpresojmë dhe pse jo të mos besojmë se s’do të jetë e largët dita kur do të jemi pjesë e integritetit universitar Evropian.
