Në fillim të vitit 1993 në Universitetin Bujqësor të Tiranës, filluan te zbatohen dy projekte te financuar nga USAID dhe GTZ, per riorganizimin e struktures administrative te UBT dhe hartimi i planeve dhe programeve te reja mësimore. Dega e Zooteknise përsëri shkeputet nga Fakulteti i Veterinarise dhe i bashkohet Fakultetit te Bujqesise.Kështu viti 1994-1995 shënon  krijimin për herë të parë të Departamentit të Zooteknisë në Fakultetin e Bujqësisë.

Në vitin 1999 në Shqipëri filluan pëgatitjet për implementmin e ECTS. Në këtë periudhë Departamenti ishte përfshirë në projektin TEMPUS “Zhvillimi i kurikulës në Zootekni“, ku mundësua zhvillimi i programeve mësimoe në përputhje me Proçesin e Bolonjës. Për herë të parë u fut koncepti i ECTS në programet mësimore të Shkencave zooteknike. Kurikulat pësuan një transformim rrënjësor, u hartuan dhe implementuan dy programe studimi: “Zootekni dhe Menaxhimi i Biznesit Blegtoral“, si dhe “Akuakultura dhe Menaxhimi i Peshkimit“.

Në konferencën e Ministrave të Arsimit, mbajtur në Berlin, në vitin 2003, u pranua kërkesa e Shqipërisë për të aderuar në Proçesin e Bolonjës. Kjo do të thoshte një reformë fondamentale, përafrim i legjislacionit dhe krijimi i një hapsire të arsimit të lartë, të përbashkët, të hapur dhe fleksibël. Në vitin akademik 2004 – 2005 Departamenti, si gjithë Universiteti Bujqësor i Tiranës implementoi zyrtarisht ECTS.  

Aktualisht Departamenti ofron programe studimi në nivelin Bachelor, Master i Shkencave, Master Profesional dhe Doktoratë.

Departamenti i Shkencave zooteknike ëahtë pjesë e Fakultetit të Bujqësisë dhe Mjedisit, Universiteti Bujqësor i Tiranës. Studenët kombinojnë interesat e tyre mbi biologjinë dhe kafshët në një mjedis që tejkalon kufijtë e auditorëve. Departamenti është i njohur për programet mbi mësimin, kërkimin dhe ekstensionin në biologjnë shtazore dhe blegtorinë. Fushat prioritare ku fokusohemi janë të ushqyerit, mbarështimi, gjenetika dhe përmirësimi gjenetik i kafshëve të fermës. Fokusi ynë janë disa lloje kafshësh të fermës si gjedhi i drejtimit për mish, qumësht, delet, dhitë, kuajt, shpendët, bletët, derrat etj. Stafi i Departamentit po punon fort për të siguruar cilësi të lartë në mësimdhënie. Gjithashtu, ne kujdesemi për interesat dhe nevojat e studentëve. Departamenti i ofron mundësi studentëve të kryejnë  kërkim shkencor, duke punuar në laboratorët dhe fermat tona.

Departamenti ka marëdhënie të ngushta me të gjitha njësitë e tjera të UBT-së, me univeritette të tjera shqiptare, si dhe me mjaft Institucione dhe organizata, si Ministria e Bujqësisë, Zhvillimit Rural dhe Menazhimit të Ujrave, Qendrat e  Transferimit të Teknologjive Bujqësore, Institutin e Sigurisë Ushqimore dhe Shëndetin e Kafshëve, kompani dhe ferma private etj.

Departamenti i kryen aktivitetet e tij në kontekstin e misionit dhe vizionit të UBT-së, Departamenti zhvillon edhe përhap njohuri për nivelin Bachelor, Master dhe Doktoratë, si dhe kontribuon në zhvillimin e sektorit të shkencave zooteknike përmes kërkimit, publikimeve dhe në të ardhemn e afërt përmes kurseve të trainimit si dhe me shërbimiet ndaj komunitetit.